Der E3 nimmt seinen Ausgang im spanischen Wallfahrtsort Santiago de Compostella und benutzt bis Le Puy-en-Velay die Pilgerroute des Jakobsweges durch das galicische Bergland, Kastilien, die Margatería, La Rioja, Navarra und Pamplona zu den Pyrenäen, die über die Rolandspforte gequert werden.
In Frankreich werden die Gascogne, das Quercy, die Auvergne, die Montagne Bourbonnaise, das Morvan und Burgund durchwandert, das Centre, Paris und die Champagne gestreift bzw. schließlich die Ardennen erreicht. In Belgien wird der Semois, in Luxemburg den Flüssen Our, Sauer und Mosel gefolgt und im Dreiländereck (D/F/L) der Hunsrück durchlaufen. Bei Bacharach quert der Weg den Rhein, zieht über den Taunus zur Rhön und zwischen Thüringer Wald und Main zum Frankenwald bzw. zum Fichtelgebirge. Von hier zieht eine nördliche Route des Weges in Deutschland durch das Erzgebirge, eine südliche hingegen durch Tschechien.
Beide Routen vereinigen sich im Elbsandsteingebirge, um über den tschechischen Teil des Lausitzer Gebirges die Sudeten zu erreichen. Nun wechselt der Weg nach Polen zum Riesengebirge und durch das Eulengebirge und über den Schneeberg geht es wieder nach Tschechien in das Altvatergebirge. Über die Beskiden erreicht der Weg die Karpaten, um über die in der Slowakei gelegene Kleine Fatra die Hohe Tatra und wieder nach Polen bzw. zum Dukla-Pass zu gelangen. Nun führt der Weg in südliche Richtung durch die östliche Slowakei und das östliche Ungarn, durch das Theiß-Tiefland an die rumänische Grenze nahe Oradea, wo der zusammenhängende Teil dieses Weges endet. Bulgarien durchquert der Weg auf dem Balkan-Gebirge vom Berg Kom bis zum Kap Emine am Schwarzen Meer.
Streckenführung im Detail
Santiago de Compostela - Léon - Burgos - Pamplona - Roncesvalles/Roncevaux - Cahors - Le Puy-en-Velay - Bourbon-Lancy - Fontainebleau bei Paris - St. Erme outre et Ramecourt - Bouillon - Martelange - Echternach - Bacharach am Rhein - Fulda - Mellrichstadt - Coburg - Marktredwitz - Eisenach - Eger - Reichenberg - Duklapass - Presov - Sátoraljaiejhely - Ártánd - Berg - Kom - Schipka-Pass - Krãstec - Kap Emine.
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